청구인 A(‘공급하는 자’로 ‘매출자’)는 비철 도ㆍ소매업을 영위하는 사람인데, 구리 스크랩 등 매수자 B(‘공급받는자’로 ‘매입자’)에게 매출세금계산서를 발급하고, 이를 바탕으로 부가가치세 신고를 하였다.
매입자 B는 매입자납부특례규정 제3항에 따라 매출세액 상당액을 청구인 A 명의의 부가가치세 관리계좌에 입금하였다.
지방국세청장은 위 매출세금계산서가 가공거래에 해당하여 부가가치세 과세기간 동안 매출세액과 매입세액을 모두 0원으로 경정하고, 기납부한 세액에서 세금계산서 미발급 등 가산세를 공제한 나머지 금액을 환급하는 경정결의를 하였다.
청구인 A은 대한민국을 피고로 하여 위 환급금 및 그 환급가산금(합계 3,341,430,596원) 등의 지급을 구하는 소를 제기하였는데, 법원은 ‘구리 스크랩 등을 공급받은 자가 입금한 부가가치세액이 과오납금에 해당하여 이를 환급하여야 할 사유가 발생한 경우, 이에 대한 환급청구권은 공급자(매출자)가 아니라 공급받은 자(매입자)에게 귀속된다’라고 판단하여 청구인의 청구가 기각되었다(대법원은 상고 기각).
청구인 A은 위 소송 계속 중 조세특례제한법 제106조의9 제11항 및 같은 법 부칙 제32조 제2항의 위헌법률심판제청신청 이후 헌법소원심판을 청구하였다.
매입자납부특례규정이 적용되는 경우에도 통상적인 부가가치세의 경우와 동일하게 매출자가 과오납된 부가가치세의 환급청구권자가 되어야 하나, 위 규정은 매입자를 환급청구권자로 정하여 매입자납부특례규정이 적용되는 스크랩 등의 매출자를 통상의 경우보다 불리하게 취급하고 있는지 여부가 문제된다(평등원칙 위반 여부).
스크랩 등과 같은 특수한 재화의 경우 거래징수한 부가가치세를 납부하지 않고 폐업하여 세금을 탈루하는 이른바 ‘폭탄사업자’나 ‘자료상’으로 인한 세금탈루 등의 문제가 광범위하게 나타났다.
이에 2013. 5. 10. 법률 제11759호로 조세특례제한법이 개정되면서 부가가치세 매출세액 포탈을 방지하기 위하여 구리 스크랩 등 거래에 있어서 매입자가 지정 금융기관 등을 통해 부가가치세를 납부하는 내용의 매입자납부특례규정이 신설되었다.
※ 조세특례제한법 제106조의9 제11항은 “제3항에 따라 공급받은 자가 입금한 부가가치세액 중 잘못 납부하거나 초과하여 납부한 금액은 「국세기본법」 제51조 제1항에도 불구하고 공급받은 자에게 환급하여야 한다.”라고 규정하고 있다.
그리고 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 조세특례제한법 제106조의9가 개정되며 철 스크랩 등에 관한 거래에 있어서도 동일한 취지의 특례를 적용하게 되었다.
매입자가 입금한 과오납 부가가치세액을 국가가 매출자에게 환급한다면 당사자들 간에 다시금 부당이득반환의 문제가 발생할 가능성이 크고, 그에 따라 매입자의 채권자들에게도 불측의 손해가 발생할 우려가 있다.
실제로 부가가치세를 지정계좌에 입금한 적도 없는 자료상 내지 폭탄사업자인 매출자에게 환급청구권을 인정하는 것이 되어, 세금탈루 방지 등을 위하여 마련된 매입자납부특례규정의 도입취지에 반하는 결과를 야기할 우려가 있다.
헌법재판소는 2023. 3. 조세특례제한법 제106조의9 제11항 및 같은 법 부칙 제32조 제2항은 헌법에 위반되지 않는다고 하였다(합헌).