B이 2011. 12.경 사망하자, B 소유 이 사건 각 부동산의 1/2지분 중 그 자녀들인 A(원고)와 E은 1/4지분에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.
A등 상속인들은 세무서장(Y)에게 상속세 신고를 하였는데, 상속재산 중 이 사건 각 부동산의 1/2지분 가액은 기준시가인 881,500,000원으로 하였고, 세무서장은 A 등의 신고내역 중 이 사건 각 부동산의 1/2지분의 가액 부분은 그대로 유지하고 상속세 결정을 하였다.
A 등 이 사건 각 부동산의 공유자들은 2020.경 양도하였고, A는 피고 Z(세무서장)에게 취득가액 440,750,000원(상속시 기준시가)으로 계산한 양도소득세 161,362,378원을 신고ㆍ납부하였다.
A는 2020.경 이 사건 각 부동산의 1/2지분에 관하여 상속개시일인 2011. 12.을 기준으로 시가감정평가를 하였고(이하 ‘이 사건 소급감정’이라 한다), 각 감정평가액의 산술평균액인 624,769,600원을 취득가액으로 하여 Z에게 기납부세액과의 차액 61,830,586원(=161,362,378원 – 99,531,792원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
Z는 2021. 경 원고에 대하여, A가 상속개시일로부터 약 8년 9개월이 경과한 시점에서 임의로 한 이 사건 소급감정가액은 이 사건 각 부동산의 객관적인 교환가격으로서의 시가를 적절히 반영하고 있다고 보기 어렵다는 이유로 A의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
A는 소급감정의 경우에도 객관적이고 합리적인 방법으로 평가된 것이라면 ‘시가’로 인정할 수 있다라는 취지의 주장을 하며 이 사건 처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.
Z는 이 사건 소송 계속 중에 ‘세무서장은 1/2지분의 가액을 881,500,000원으로 하여 상속세를 결정하였으므로 2020. 2경 개정된 소득세법 시행령 제163조 제9항 본문 괄호부분(이하 ‘개정 시행령 조항’이라 한다)에 의하여 위 가액이 곧바로 취득가액으로 의제되고, A는 이 사건 소급감정가액을 취득가액으로 주장할 수 없다.’는 내용으로 이 사건 처분사유를 변경하였다.
이에 A는 이 사건 처분사유로 삼지 않았던 개정 시행령 조항을 뒤늦게 처분사유로 추가할 수 없다는 주장을 하였다.
법원은 ① 소송계속 중 개정 시행령 조항이 적용되어 새로운 사유를 주장할 수 있고, ② 상속세 결정이 존재하는 이상 개정 시행령 규정에 따라 용산세무서장이 결정한 이 사건 각 부동산의 가액이 취득 당시의 실제거래가액으로 의제되고, 이 사건 소급감정가액을 취득가액으로 인정할 여지가 없다는 이유로 A의 청구를 기각하였다(원고 A 패소).
법원은 ①과 관련하여, 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고, 개개의 거부처분사유는 공격방어방법에 불과한 것으로 과세관청은 당초 내세웠던 거부처분사유 이외의 사유도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있는데, 이 사건 소송계속 중 개정 시행령 조항이 적용됨에 따라 이 사건 처분이 적법하다는 새로운 사유를 주장할 수 있다고 하였다.
개정 규정은 동일한 부동산의 취득가액을 상속ㆍ증여세에 관하여는 부동산 기준시가(저가)로 신고·납부하고 양도소득세에 관하여는 소급감정평가액(고가)으로 신고ㆍ납부하여 조세를 회피하는 사례를방지하기 위해 양도소득세 산정 시 상속·증여로 취득한 자산의 취득가액을 원칙적으로 세무서장의 상속·증여세 과세표준과 세액 결정 시의 가액으로 의제하도록 규정한 것이리고 하였다.
법원은 ②와 관련하여, 세무서장등이 납세의무자가 신고내용 그대로 과세표준과 세액을 결정하는 경우도 세무서장등이 결정ㆍ경정한 가액’에 해당한다고 볼 수 있고, 세무서장은 상속세 결정 당시 A 등 상속인들이 신고한 대로 상속재산가액을 산정하였으므로, 양도소득세 산정 시 취득가액은 위 결정 상속재산가액을 기준으로 440,750,000원(= 881,500,000원÷2)이 되어야 한다고 하였다.