구 농어업경영체법에 따라 설립된 원고는 구 조특법 제66조 제1항에 근거하여 식량작물재배업소득 등에 대한 법인세의 면제를 신청하였는데, 피고는 원고가 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다는 이유로 해당 법인세를 면제하지 않고 원고에게 법인세를 부과하였다.
대법원 2023. 3. 30. 선고 2019두55972 판결은, 『구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인의 식량작물재배업소득 등에 대해서는 법인세 면제에 관한 구 조특법 제66조 제1항이 적용되고, 면제 신청 절차에 관한 규정인 구 조특법 제66조 제8항 및 이 사건 규정은 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 관할세무서장에게 제출하도록 협력의무를 부과한 것이므로, 영농조합법인이 법인세 면제 신청을 하면서 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 과세 관청이 해당 법인세 면제를 거부할 수는 없다.』라고 하였다.
또한 이 사건 규정은 구 조특법 제66조 제8항의 위임에 따라 납세의무자로 하여금 면제 신청에 필요한 서류를 제출하도록 협력의무를 부과한 규정에 불과하므로, 구 조특법 제66조 제1항에서 규정한 법인세 면제 요건을 충족한다면 이 사건 규정이 정한 농업경영체 등록확인서를 제출하지 않았다고 하여 법인세 면제를 거부할 수는 없다고 하였다.
대법원은 이와 다른 전제에서 원고의 청구를 기각한 2심판결을 파기·환송하였다.