1. 과세사업(선로임대사업)과 비과세사업(방호용역)

국가철도공단은 한국철도공사에 선로 등을 임대하는 한편, 한국철도공사와 민간업체로부터 건널목 관리용역과 국가중요시설 방호용역(‘이 사건 각 용역’)을 각각 공급받았다.

위 선로임대사업의 부가가치세 매출세액에서 이 사건 각 용역에 관한 매입세액을 공제할 수 있는지 여부가 문제되었다.

 

2. 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 오로지 비과세사업에 관련되는 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부(소극)

부가가치세법 제38조 제1항 제1호는 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액’을 매출세액에서 공제하도록 규정하고 있으나, 제39조 제1항 제7호는 매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 ‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)’을 규정하고 있고, 제29조 제8항은 ‘면세사업과 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’을 ‘면세사업등’으로 규정하고 있다. 그리고 부가가치세법 제40조는 “사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 ‘공통매입세액’이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분하여 계산한다.“라고 규정하고 있다.

따라서 사업자가 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 비과세사업에 관련된 매입세액은 원칙적으로 실지귀속에 따라 계산하여야 하고, 그 매입세액이 오로지 비과세사업에 관련되는 경우에는 이를 매출세액에서 공제할 수 없다(대법원 2016. 3. 24. 선고 2013두19875 판결 참조).

 

3. 용역계약이 부가가치세 매출세액에서 공제되는 매입세액 해당하는지 여부

2심은, 이 사건 각 용역은 선로임대계약상 의무, 즉 철도시설을 철도운행에 적합한 상태로 제공할 의무를 이행하는 데 필요한 것으로서 과세사업인 선로임대사업과 관련성이 인정되므로, 이 사건 각 용역에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제해야 한다고 보아 부가가치세부과처분 취소 청구를 인용하였다.

대법원 2023. 8. 31. 선고 2020두56384 판결은, 원고가 과세사업인 선로임대사업 이외에 비과세사업인 철도건널목 관리사업과 국가중요시설 방호사업을 겸영하고 있고, 이 사건 용역은 원고가 정부로부터 위탁받은 사업을 수행하기 위하여 정부 출연금을 재원으로 외부로부터 공급받은 것으로서 오로지 비과세사업에 관련되므로 이 사건 용역에 관한 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 없다고 판단하여 원심판결을 파기ㆍ환송하였다.